文昌國小教學大學3樓的文昌祠，原承襲新港鄉在清朝興建的登雲書院遺風，據記載，清道光15年(西元1835年)，嘉義名將王得祿及仕紳為推展文風，發動樂捐興建登雲書院，書院內闢建文昌祠奉祀孔子牌位，樹立1座208公分、寬93公分的雙龍紋飾花崗岩石牌紀念。光緒23年嘉義大地震造成登雲書院嚴重傾毀，學生被迫轉往他地，光緒25年又大地震，登雲書院全毀。臺灣光復後，新港人士力爭，縣府於民國47年在書院遺址成立新港國民學校文昌分班，52年獨立為文昌國小。
登雲書院建有文昌祠奉祀孔子牌位，地方人士建議後，校方於民國52年12月以教室設置文昌祠，迷你型孔廟從原本3坪增至約10坪，是臺灣第一所「學校孔廟」。